Семинар «Полногеномный анализ ассоциаций между геномными вариантами образцов нута из коллекции ВИР и фенотипическими признаками», 12.04.2018

В докладе будут представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций (GWAS) между геномными вариантами 428 образцов нута из коллекциии ВИР и фенотипическими признаками, измеренными в 2016 и 2017 годах на Кубанской опытной станции ВИР. Перед проведением GWAS анализа были отобраны точечные мутации (SNP) (распределенные по всем 8 хромосомам), прошедшие контроль качества по следующим параметрам: по частоте минорных аллелей и по числу отсутствующих данных. Кроме того, была произведена импутация исходных данных и выполнена фильтрация SNP для проведения GWAS с импутированными данными. GWAS анализ выявил значимые мутации, ассоциированные с различными фенотипами.

Была произведена аннотация найденных значимых мутаций и были аннотированы гены, на которых или вблизи, которых расположены значимые точечные мутации и приведены их функции.

Контакты

Телефоны: +7 (812) 290-96-42
+7 (812) 290-96-45

Адрес: г. Санкт- Петербург, ул. Политехническая, 29АФ

compbio@sbpstu.ru

Остались вопросы?

Либо напишите нам compbio@sbpstu.ru