Семинар «Моделирование регуляции генов с учётом облегчённой диффузии транскрипционных факторов», 26.04.2018

Работа посвящена построению и исследованию математических моделей транскрипционной регуляции генов в клетках эукариот. Транскрипционная активность гена контролируется структурой регуляторного района гена, состоящего из проксимального промотора и более удалённых энхансеров, а также особенностями взаимодействия этого района с транскрипционными факторами (ТФ). Структура энхансеров представлена набором сайтов связывания ТФ и их аффинностью, выраженной через энергию связи с ТФ. Важные особенности взаимодействия энхансера с ТФ включают в себя кинетику процесса поиска ТФ своего сайта связывания на ДНК. Этот процесс состоит из 3D диффузии ТФ в ядре клетки и 1D диффузии ТФ, неспецифично связанных с ДНК, и называется облегчённой диффузией.

В работе будут представлены аналитические и вычислительные подходы к моделированию транскрипционной регуляции, учитывающие не только структуру регуляторного района, но и механизм облегчённой диффузии ТФ. Будут рассмотрены детерминистские и стохастические модели, а также их применение к регуляции генов раннего развития плодовой мушки Drosophila melanogaster.